Манастир је смештен уз саму леву обалу Нишаве у сутесци Свети Отац, у атару села Сињац, па се тако често назива и сињачким манастиром. О њему постоје записи М. Валтровића и Д. Милутиновића, на основу којих се може стећи представа о његовом првобитном изгледу и архитектури, јер су познијим радовима они битно измењени. Када су га они посетили (одмах након ослобођења од Турака 1878. г.) био је још увек сачуван западни зид који је делио старију грађевину од дограђене припрате. Тада је још увек постојао запис о години 1618. као години у којој је црква осликана фрескама. У основи је триконхонална грађевина, са слепом куполом изнад средишњег травеја. Купола је ослоњена на два пара надвишених прислоњених лукова, који се ослањају на чела подужних сводова источног и западног травеја. Апсиде су и споља и изнутра полукружне. Највероватније да је одмах по градњи и живописању на западној страни дозидана пространа припрата. Недавно је откривен пространи живопис који је доста добро очуван. Распоред фресака је карактеристичан за XVII век. У олтарској апсиди је поворка архијереја, а у конхи Богородица са христом. У куполи је Христос сведржитељ са јеванђелистима и пророцима. Циклус великих празника и циклус Христовог страдања само су делимично очувани. Начин и стил израде фресака говоре да је сликар био школован, мада не великих могућности. Извесни историчари ликовне уметности сматрају изузетно зналачким компоновање боја и посебно истичу црвену, љубичасту, светло плаву, зелену, окер и жуту, а најимпресивнијим сматрају фреске са представама Исуса, св. Саве и Симеона. Има мишљења да је ово најисточнија локација цркве са представом св. Симеона Мироточивог у Србији. Зидна сликарска декорација представља најзначајнију сликарску целину са почетка XVII века у источној Србији.
Изглед манастира св. Отац Никола посматрано са леве обале Нишаве
У комплексу средњевековног манастира су били црква, конак и воденица. Данас воденице више нема, а конак нема употребну вредност.
Током градње железнице која је прошла у непосредној близини манастира 1887. - 1888. г. инжењери, извођачи радова, су били свесни да вибрације и потреси услед проласка композиција могу бити погубни по здање, па су превентивно уградили два попречна челична везача којим су желели да спрече појаву напрснућа. То је свакако било добро, али не и довољно, па се две стотине година железничког саобраћаја поред њега одразило погубно. Данас је манастир јако оштећен, и могло би се рећи препуштен себи, и поред тога што је одлуком СО Бела Паланка проглашен за културно добро.
У позном турском периоду у њему се учило писмености. Тако се зна да се у њему учио писму Јован Цветковић из Враништа, потоњи први учитељ у Пајежу, отац учитеља Анте Младеновића који је држао школу у Клисури (који је оставио вредне записе о овом селу за потоња истраживања) и деда значајног српског књижевника Ранка Младеновића (између осталог генералног секретара Народног позоришта у Београду, управника Народног позоришта у Осијеку и директора драме Народног позоришта у Београду. Црква је проглашена културним добром и под заштитом је државе од 1967. г. Такође је одлуком СО Бела Паланка бр. 011-88 од 07.09.1990. г. проглашена за културно добро – споменик културе.
Изглед манастира св. Отац у Сињцу педесетих година прошлог века
Манастир св. Николе у Сињцу, са извором и конаком у мају 2005
Детаљ патрона над улазним вратима - манастир св. Никола
