У Белопаланачкој котлини главну флору сачињавају гајене културе и остаци природних осиромашених фитоценоза. То су у дну котлине углавном биљке мезофилне и хидрофилне флоре. Средишни део котлине је у задњих педесет година запоседнут градњом стамбених објеката и пратећом инфраструктуром, почев од железничке рампе до нишавског моста, десно до првог пружног прелаза и лево до самог ушћа Мокранске реке у Нишаву. Пре тог периода, на том потесу је углавном гајен кукуруз и биле су баште, местимично шљивари. Од природних биљних асоцијација у равни котлине заостале су местимично ливаде и осамљено дрвеће.
У средишном делу котлине, Врелском пољу, испод Станичањске мале у белопаланачком атару налазе се ливаде, вртови, оранице са кукурузом и шљивари. Природне биљне асоцијације у равни котлине чине ливаде и осамљено шумско дрвеће. Ливада данас има тамо где се, спуштајући се са обода, разливају периодски водотоци. Најраспрострањеније ливаде су у пољу, на местима где у раван котлине прелазе Јабуковик и моклишки поток и у Гладном пољу где се разводњава поток Бандол. Поред Нишаве и Црвене реке наилази се на фрагменте и остатке хидрофилне шуме тополе и врбе (Populeto-Salicetum).
Од реликтних заједница, које не припадају шумским заједницама, две су најзначајније:
Заједница рудинског пелина и жалфије (Artemisio – Salvetum officinalis – Artemisia lobelii)
Са флористичке, биљногеографске, еколошке и фитоценолошке тачке гледишта, посебно је интересантно напоменутида средње Понишављеприпада природном ареалу југоисточне Србије са налазиштима жалфије (Salvia officinalis L.), која представља типичну медитеранску врсту. Заступљена је на Сврљишким планинама, око села Градишта, затим на левој и десној обали Нишаве - од Сићевачке клисуре до Долцаи навише до потеса изнад села Крупца. Присуство жалфије на овом подручју В. Николићи Н. Диклић(1966.г.) објашњавају тиме да „животниусловиу овој„медитеранскојоази” не излазе из оквира историјски условљене еколошке валенце жалфије и осталих термофилних биљака заступљениху асоцијацији Artemisio-Salvietum officinalis, што свакако представља основни узрок њиховог опстанка у рецентном периоду” и у овом крају.
У току истраживања овог терена на подручју брда изнад села Крупца, је констатовано присуство жалфије Salva officinalis L. и то у количини која се може искоришћавати. Жалфија је на подручју Сићевачке клисуре под заштитом закона. Њено искоришћавање је дозвољено само у ванредним условима.
Вреди поменути успели покушај белопаланачких ловаца и пчелара да жалфију пренесу у централни део Белопаланачке котлине. Данас је жалфија заступљена и на просторима Мокранског ждрела, на десној обали Коритничке реке у стрмим стењацима Малог курила. Иако је у овом станишту насељена вештачким путем, њено битисање на овом подручју говори да јој станишни услови одговарају, јер се ту успешно одржава већ више од десет година.
Заједница папрати и рамондије (Cetereto –Remondietum serbicae D. Jov.)
Као представнике друге вредносне групе - појединачних врста реликата и ендемо реликата треба истаћи следеће врсте:
Жалфија, каловер (Salvia officinalis L.)
Иако је ова биљка поменута у заједници са рудинским пелином, вреди истакнути и пар података о њој као појединачном реликту. То је типична медитеранска (субмедитеранска) врста која се у Белопаланачкој котлини сместила на самом улазу у Сићевачку клисуру, допире знатно узводно уз котлину (Крупац), али се распростире и низводно у самој клисури. Као такво ово подручје представља друго, али највеће и најсеверније континентално налазиште (ван Медитерана). Позната је зачинска биљка још из античких времена. У средњем Понишављу је заступљена подврстом Salvia officinalis L. Subsp. Multiflora Гајић 1975.
Српска рамонда (Ramonda serbica Panč)
Ова биљна врста је први пут идентификована на Ртњу средином XIX века, да би затим била пронађена и у околини Сићева иЈелашничкој клисури,као и на још неколико локалитета на Балкану, али ван Балкана је нема. Познато је да се налази и на крајњем делу средњег Понишавља - у делу Сићевачке клисуре који захвата Облик и Градиштеи на тај начин припада масиву Сврљишких планина. Скоро да је апсолутно непознато (сем малом кругу добро обавештених истраживача) да се налази у још једној сутесци средњег Понишавља – сутесци Св. Отац, између Чифлика и Сињца на левој обали Нишаве у склопу масива Белаве. То је ретка врста чија је укупна популација толико мала да, иако за сада није у категорији угрожених ни рањивих врста, постоји опасност да то постане. Позната је по више својстава:
Наталијина рамонда (Ramonda nathaliae Panč.)
Наталијина рамондија се налази на »главном« масиву Суве планине (Трем, Мосор, Соколов камен), али је има и на масиву Голаша. Тако може да се каже да је присутна у све три микрогеографске целине - Белопланачкој котлини, Ветанској корутини и Коритничкој котлини. Представља ретку врсту чија је укупна популација толико мала да, иако за сада није у категорији угрожених ни рањивих врста, постоји опасност да то постане (Р-Раре).
Кошутица, жутилица (Coronila emerus)
И ова биљка представља типичну медитеранску врсту, која је од изузетног значаја за пчеларење и науку. Веома је ретка у Србији, али је у средњем Понишављу највише присутна у подручју које гравитира ка Сићевачкој клисури, Ждрелу – мокрањске епигеније, Бежишком ждрелу, сутесци Св. Отац, као и на десној обали Нишаве између сутеске св. Отац и Љубатовачког потока (потес Стража). Има је и на другим локацијама у мањој мери.
Јоргован (Syringa vulgaris)
Овај балкански ендемит је највише присутан на кречњачким странама Суве планине испод врха Рженац ка Дивљанском манастиру и Мокри, од Дивне горице ка Новом Селу, на стењацима између Риња, Моклишта и Гламе, у сутесци Св. Оца, као и на целом подручју Сићевачке клисуре. За науку представља недовољно изучену врсту. По вертикали, од долинског пода Сићевачке клисуре па до врха Плеша, гради серију посебних биљних заједница, које чине прелаз од шумских ка асоцијацијама типа „шибљак“, што је од значаја за науку. Такве асоцијације се срећу и десно од сухог бујичног потока Преслап - Мокранско врело.
Мечја леска, диволеска (Corylus colurna)
Најтипичнији је представник терцијерних реликата из полидоминантних шума. Плодови имају и еколошку и економску вредност. До скора су постојала огромна стабла мечје леске које је имало смисла и заштити. Присутна је по целој Сувој планини, увалама Сврљишких планина, Белави и око Бабине главе. Врло је лепо и декоративно дрво. Због масивних стабала, обилато се сече иако нема тако велику топлотну моћ у односу на уобичајено огревно дрво и има велику брзину сагоревања.
Рашељка, дивља вишња(Prunus mahelab)
Такође је типичан представник терцијерних реликата. Плодови садрже много обојених материја антоцијана које се растворене у води користе у винарству, кондиторству и у др. намене. Представља одличну калем подлогу за трешње, вишње и друго воће.
Прасковњак, дивљи бадем(Prunus nanae)
Врло низак декоративни жбун и јако редак у Србији. Представља степски елеменат. Иако је регистрован на острву Вис још у XIX веку, до данас није пронађен. У средњем Понишављу је присутан у Сићевачкој клисури, али је нађен и на развођу Белопаланачке и Коритничке котлине у потесу између Шљививичког и Поповог врха.
Рудински пелин (Artemisia lobelii)
Ова биљка је већ поменута у заједници са жалфијомArtemisio-Salvietum officinalis у претходном опису. Поред присуства у симбиози, налази се и ван оваквих ареала. Поседује врло пријатан камфораст мирис и горак укус. Коришћен је као антихелминтик за време ратова. Изванредан је за справљање вермута.
Драча (Paliurus spina-kristi)
Драча је типичан медитерански представник. Почев од Клења на десној обали Нишаве, па све до Сићевачке клисуре, уме да направи праву непролазну макију. У потесу између Дола и Моклишта је толико присутна да је засеок Моклишта по њему добио име – Драчје. Млади плодови се могу користити за алтернативни вид исхране, а зрели као сурогат кафе.
Остриа (Ostria carpinifolia)
Остриа представља терцијерни ендемо реликт који је врло ретко распрострањен.
Orobanche serbica G. Beck et Petrović 1885.
Ова биљка је по први пут нађена у Сићевачкој клисури. Има је испод Плеша. Примерци нађени овде се узимају као холотип за компарацију.
На крашким, оголелим теренима има и две врсте жедњака: Sedum album L. (бели) и Sedum acre L. (жути), као и значајног присуства Prunus spиnosa (трњине). Без претензије да се покрије целокупан флористички састав, наведене врсте представљају најзначајније ендемите.